וועדות הערר הן ערכאה שיפוטית הפועלות כחלק מהמנהל האזרחי. לוועדות אלו, המיואשות על ידי משפטנים במילואים, ניתן לפנות בכדי לערער על החלטות שונות של גופי המנהל הנוגעות לקרקעות, אישורי בנייה וכדומה. על פי חוק, להחלטות וועדות הערר אין תוקף מחייב, אך עד לפני שנים ספורות ראה אותן המנהל ככאלה, והקפיד לפעול לפי הנחיות הוועדה. בשנים האחרונות החל היועץ המשפטי של המנהל האזרחי להנחות את ראש המנהל שלא לציית להחלטות השיפוטיות של וועדות הערר, דבר שגרר ביקורת נוקבת ב'דו"ח לבחינת מצב הבנייה ביהודה ושומרון' של השופט אדמונד לוי, שקרא לקבוע "שהחלטתה של וועדת הערר לא תהיה בגדר המלצה בלבד, אלא תחייב את ראש המנהל האזרחי לפעול על פיה".
