סעיף 49 באמנת ג'נבה הרביעית קובע כי "המעצמה הכובשת לא תגרש ולא תעביר חלקים מאוכלוסייתה האזרחית שלה לשטח שכבוש על ידה". מעמדן של ההתנחלויות לאור סעיף זה נתון במחלוקת. חלק מהמשפטנים טוענים כי היות ומפעל ההתנחלויות כולל העברה של אוכלוסייתה המקורית של מדינת ישראל אל שטחי יהודה ושומרון, הרי שהדבר אסור על פי האמנה, ולפיכך יש לראות בו "פשע מלחמה".
מנגד, משפטנים רבים טוענים כי הדגש בסעיף זה של האמנה הוא על העברת אוכלוסייה בכפייה, בדומה לגירושים ההמוניים בהם נקטו כוחות הכיבוש הנאציים במהלך מלחמת העולם השנייה. הדבר מוכח הן מהקשרו הטקסטואלי של הסעיף והן מהתבטאויות של אישים שונים המעורבים בניסוח האמנה. לדעת משפטנים אלו, היות ותושבי ההתנחלויות עברו לשטח מרצונם החופשי ומיוזמתם, הרי שסעיפים אלו של האמנה לא חלים עליהם, וממילא מדובר במדיניות חוקית.
